Doanh nghiệp khai báo hải quan thế nào với mô hình thông quan tập trung?

Mô hình thông quan tập trung được ngành Hải quan triển khai theo hướng tập trung khâu tiếp nhận, xử lý và kiểm tra hồ sơ tại một đầu mối chuyên trách, đồng thời vẫn phối hợp với hải quan cửa khẩu khi cần kiểm tra thực tế hàng hóa. Với doanh nghiệp, dù là thông quan theo mô hình nào thì điểm quan trọng vẫn là hồ sơ điện tử, dữ liệu khai báo và chứng từ kèm theo phải rõ ràng ngay từ đầu.

1. Lưu ý đối với Doanh nghiệp khi thông quan tập trung

Ngày 06/05/2026 Cục Hải quan ban hành Quyết định số 702/QĐ-CHQ về quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo mô hình thông quan tập trung (TQTT) tại Chi cục Hải quan khu vực III. Quyết định có hiệu lực từ ngày 01/06/2026 và hướng dẫn các khâu từ tiếp nhận, phân luồng tờ khai đến kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế, kiểm tra nghĩa vụ thuế và hoàn chỉnh hồ sơ.

Doanh nghiệp nên hiểu đây là mô hình mới của Hải quan bên cạnh mô hình truyền thống hiện nay là phân tán các Đơn vị HQ, mô hình tập trung tổ chức xử lý hồ sơ, không phải cơ chế miễn hồ sơ hay bỏ qua kiểm tra. Một số nhóm như hàng vận chuyển độc lập, hàng đưa vào hoặc đưa ra kho ngoại quan, tờ khai giấy, hàng trị giá thấp gửi qua bưu chính hoặc chuyển phát nhanh vẫn thực hiện tại hải quan cửa khẩu theo thông tin công bố. Vì vậy, trước hết cần xác định lô hàng có thuộc phạm vi xử lý tập trung hay không.

Điều này tức là mặc dù là TQTT nhưng 1 số trường hợp vẫn thực hiện thông quan truyền thống như cũ mà chưa áp dụng TQTT. Vậy nên DN cần biết những trường hợp nào thì khai theo mô hình tập trung, trường hợp nào vẫn khai báo và làm thủ tục trực tiếp tại HQ cửa khẩu như trước.

2. Doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ như thế nào?

Về hồ sơ khai hải quan thì cơ bản Doanh nghiệp vẫn thực hiện như trước, tuy nhiên để việc khai báo được chính xác và nhanh chóng hơn thì cần chuẩn hóa hồ sơ chứng từ, tránh sai sót sai lệch giữa các chứng từ Hải quan.

Trước khi truyền tờ khai, doanh nghiệp nên rà soát bộ chứng từ theo từng loại hình xuất khẩu, nhập khẩu. Hồ sơ hải quan thường cần thống nhất giữa hợp đồng, hóa đơn thương mại, phiếu đóng gói, vận đơn, giấy phép hoặc kết quả kiểm tra chuyên ngành nếu có, chứng từ xuất xứ khi xin ưu đãi thuế và tài liệu kỹ thuật phục vụ phân loại, trị giá, chính sách mặt hàng.

Vướng mắc thường đến từ dữ liệu không khớp: mã HS khác mô tả hàng, số lượng trên packing list lệch với vận đơn, điều kiện giao hàng chưa phù hợp với trị giá khai báo, hoặc chứng từ chuyên ngành chưa sẵn sàng khi phân luồng yêu cầu kiểm tra. Với mô hình tập trung, các lỗi này dễ làm hồ sơ phải bổ sung hoặc giải trình.

Bên cạnh mô hình TQTT thì Hải quan hiện nay cũng đã triển khai thêm giải pháp khai báo chứng từ số hóa. Hiểu cơ bản là thay vì trước đây khai chứng từ điện tử dạng tệp, file ảnh pdf thì hệ thống không phân tích được, mà cán bộ HQ phải kiểm tra và đối chiếu thủ công bằng mắt với bộ tờ khai khai báo. Khi áp dụng khai báo chứng từ số hóa, các chứng từ sẽ được DN khai dưới dạng chỉ tiêu thông tin hệ thống sẽ tự động phân tích được dữ liệu, tự động đối chiếu với tờ khai và các chứng từ khác (đối chiếu chéo) và cảnh báo cho HQ những sai khác, sai lệch... Từ đó, giúp việc tác nghiệp và quản lý của HQ chính xác, nhanh chóng hơn.

3. Quy trình thực hiện nên đi theo các bước nào?

Bước 1: Xác định lô hàng có thuộc phạm vi xử lý theo mô hình thông quan tập trung hay không.

Bước 2: Chuẩn hóa dữ liệu tờ khai: mã HS, trị giá, thuế suất, loại hình, địa điểm lưu giữ hàng, container, vận đơn và đối tác.

Bước 3: Số hóa và đính kèm chứng từ cần thiết, bảo đảm tên file và nội dung dễ đối chiếu.

Bước 4: Truyền tờ khai, theo dõi phân luồng và phản hồi yêu cầu kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế nếu phát sinh.

Bước 5: Kiểm tra nghĩa vụ thuế, phí, lệ phí; lưu hồ sơ điện tử và chứng từ gốc để phục vụ hoàn chỉnh hồ sơ.

4. Những lỗi cần tránh khi khai báo

Doanh nghiệp cần tránh khai theo thói quen cũ mà không kiểm tra lại địa điểm xử lý hồ sơ, phạm vi áp dụng và hướng dẫn của chi cục hải quan quản lý. Không nên truyền tờ khai khi chứng từ chuyên ngành, chứng từ xuất xứ hoặc dữ liệu trị giá chưa được rà soát. Với hàng phải kiểm tra thực tế, cần chuẩn bị sẵn vị trí hàng, người liên hệ và phương án xuất trình hàng hóa.

Từ ngày 01/02/2026, Thông tư 121/2025/TT-BTC có hiệu lực, sửa đổi, bổ sung một số quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Doanh nghiệp nên cập nhật chỉ tiêu khai báo và yêu cầu chứng từ theo văn bản hiện hành.

5. ECUS hỗ trợ doanh nghiệp chuẩn hóa dữ liệu khai báo

Với phần mềm khai hải quan điện tử ECUS, doanh nghiệp có thể quản lý dữ liệu tờ khai, chứng từ và lịch sử xử lý lô hàng trong cùng một quy trình. Việc nhập liệu nhất quán, lưu hồ sơ có hệ thống và theo dõi trạng thái xử lý giúp doanh nghiệp chủ động hơn khi thực hiện theo mô hình thông quan tập trung.

Hiện tại phần mềm ECUS đã được tích hợp thêm tính năng AI hỗ trợ phân tích và tạo lập chứng từ, giúp hỗ trợ doanh nghiệp lên tờ khai, chứng từ nhanh và chính xác hơn, giảm thiếu thời gian nhập liệu và kiểm tra thủ công. Doanh nghiệp cần hỗ trợ tìm hiểu tính năng vui lòng liên hệ tổng đài HTKH 24/7 1900 4767 (miền Bắc) và 1900 4768 (miền Trung - Nam) để được hướng dẫn cụ thể.

Trên đây là những chia sẻ từ ECUS. Hy vọng những thông tin từ bài viết sẽ giúp ích cho doanh nghiệp trong việc thực đầy đủ và đúng các quy định.

Tài Phạm