Thông quan tập trung: Quy trình 5 bước theo Quyết định số 702/QĐ-CHQ

Trong hoạt động xuất nhập khẩu, mỗi thay đổi trong thủ tục hải quan đều có tác động trực tiếp đến thời gian giao hàng, chi phí lưu kho bãi, kế hoạch sản xuất và khả năng đáp ứng đơn hàng của doanh nghiệp. Với các doanh nghiệp sản xuất, gia công, doanh nghiệp chế xuất, doanh nghiệp trong khu công nghiệp và các đơn vị logistics, việc nắm rõ thông quan tập trung không chỉ giúp chuẩn bị hồ sơ đúng hơn mà còn giúp tối ưu quy trình phối hợp với cơ quan hải quan.

Ngày 06/5/2026, Cục Hải quan ban hành Quyết định số 702/QĐ-CHQ về Quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo mô hình thông quan tập trung tại Chi cục Hải quan khu vực III. Quyết định này có hiệu lực từ ngày 01/6/2026 và là cơ sở quan trọng để doanh nghiệp hiểu cách thức xử lý tờ khai, kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa, nghĩa vụ thuế phí và hoàn chỉnh hồ sơ trong mô hình mới.

1. Thông quan tập trung là gì?

Thông quan tập trung là mô hình tổ chức thủ tục hải quan theo hướng tập trung khâu tiếp nhận, xử lý và kiểm tra hồ sơ tại một đầu mối chuyên trách, thay vì phân tán toàn bộ quy trình tại nhiều đơn vị hải quan cửa khẩu hoặc ngoài cửa khẩu như trước đây.

Theo cách hiểu thực tiễn, mô hình thông quan tập trung giúp tách bạch rõ hơn giữa hai nhóm công việc: xử lý hồ sơ hải quan trên hệ thống và xử lý nghiệp vụ thực địa tại cửa khẩu. Trong đó, Đội Thông quan giữ vai trò đầu mối kiểm tra hồ sơ, xử lý tờ khai, theo dõi nghĩa vụ thuế phí; còn Hải quan cửa khẩu tiếp tục thực hiện các công việc cần hiện diện tại địa điểm lưu giữ hàng hóa như kiểm tra thực tế, soi chiếu, lấy mẫu hoặc giám sát hàng hóa.

Điểm quan trọng của mô hình này là tăng tính chuyên sâu và thống nhất trong xử lý hồ sơ. Doanh nghiệp không chỉ làm việc với một quy trình có tính hệ thống hơn mà còn được hưởng lợi từ việc phân công công chức theo mã bộ phận xử lý, nhóm hàng hóa hoặc mã HS. Khi hệ thống tự động phân luồng và phân công xử lý, nguy cơ chồng chéo, trùng lặp hoặc phụ thuộc vào xử lý thủ công sẽ giảm xuống.

2. Cơ sở pháp lý của mô hình thông quan tập trung

Quy trình hiện được quy định tại Quyết định số 702/QĐ-CHQ ngày 06/5/2026 của Cục Hải quan. Quyết định này ban hành quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo mô hình thông quan tập trung tại Chi cục Hải quan khu vực III.

Theo phạm vi áp dụng, quy trình hướng dẫn thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại Đội Thông quan và Hải quan cửa khẩu thuộc Chi cục Hải quan khu vực III. Một số nhóm thủ tục vẫn thực hiện tại Hải quan cửa khẩu, gồm hàng hóa vận chuyển độc lập, hàng hóa đưa vào hoặc đưa ra kho ngoại quan, hàng hóa đăng ký tờ khai giấy, hàng hóa trị giá thấp gửi qua bưu chính hoặc chuyển phát nhanh nếu có.

Doanh nghiệp cần lưu ý: đây là quy trình triển khai tại Chi cục Hải quan khu vực III, có ý nghĩa thí điểm và là bước chuẩn bị để đánh giá khả năng mở rộng mô hình trong ngành Hải quan.

3. Vì sao doanh nghiệp cần quan tâm đến thông quan tập trung?

Với doanh nghiệp xuất nhập khẩu, đặc biệt là doanh nghiệp sản xuất, gia công, chế xuất và doanh nghiệp trong khu công nghiệp, thời gian thông quan ảnh hưởng trực tiếp đến kế hoạch sản xuất. Chỉ một tờ khai bị kéo dài do thiếu chứng từ, sai mã HS, chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế hoặc phát sinh kiểm tra thực tế cũng có thể làm chậm nguyên liệu đầu vào hoặc lô hàng xuất khẩu.

Thông quan tập trung hướng đến mục tiêu xử lý hồ sơ chuyên sâu, minh bạch hơn và giảm tiếp xúc trực tiếp giữa doanh nghiệp với công chức hải quan. Đây là định hướng phù hợp với thủ tục hải quan điện tử, quản lý rủi ro, chuyển đổi số và xu hướng chuyển mạnh từ kiểm tra trong thông quan sang kiểm tra sau thông quan.

Đối với doanh nghiệp, điều này đặt ra yêu cầu cao hơn về chất lượng dữ liệu khai báo. Tên hàng, mô tả hàng hóa, mã HS, trị giá, xuất xứ, giấy phép, chứng nhận kiểm tra chuyên ngành và tình trạng nộp thuế cần được chuẩn bị chính xác ngay từ đầu.

4. Quy trình thông quan tập trung 5 bước theo Quyết định số 702/QĐ-CHQ

Bước 1: Tiếp nhận, kiểm tra, đăng ký và phân luồng tờ khai

Ở bước đầu tiên, hệ thống điện tử tự động tiếp nhận tờ khai, kiểm tra điều kiện đăng ký và thực hiện phân luồng theo quy định. Tờ khai có thể được phân vào luồng xanh, luồng vàng hoặc luồng đỏ.

Nếu tờ khai thuộc luồng xanh, quy trình sẽ chuyển sang bước kiểm tra hoàn thành nghĩa vụ thuế, phí, lệ phí. Nếu tờ khai thuộc luồng vàng hoặc luồng đỏ, hồ sơ sẽ được chuyển sang bước kiểm tra hồ sơ hải quan.

Với doanh nghiệp, đây là giai đoạn cần đặc biệt chú ý đến chất lượng khai báo ban đầu. Sai sót về mã loại hình, mã HS, trị giá, số lượng, chính sách mặt hàng hoặc chứng từ đính kèm có thể khiến tờ khai phải bổ sung, chuyển luồng hoặc kéo dài thời gian xử lý.

Bước 2: Kiểm tra hồ sơ hải quan

Ở bước này, hệ thống căn cứ danh sách tài khoản công chức đã được phân quyền để tự động phân công kiểm tra hồ sơ theo mã bộ phận xử lý tờ khai tại Đội Thông quan.

Nội dung kiểm tra thường tập trung vào tính đầy đủ của hồ sơ điện tử, thời hạn khai hải quan, chi tiết hồ sơ, tên hàng, mô tả hàng hóa, mã số, mức thuế, trị giá hải quan, xuất xứ, giấy phép, chứng nhận kiểm tra chuyên ngành và nghĩa vụ thuế liên quan.

Đối với tờ khai luồng vàng, nếu hồ sơ phù hợp, công chức có thể hoàn thành kiểm tra hồ sơ để chuyển bước tiếp theo. Đối với tờ khai có dấu hiệu cần kiểm tra thêm, cơ quan hải quan có thể yêu cầu bổ sung thông tin, chuyển luồng hoặc đề xuất kiểm tra thực tế hàng hóa.

Doanh nghiệp nên chuẩn bị bộ hồ sơ điện tử đầy đủ, nhất quán giữa hợp đồng, invoice, packing list, vận đơn, C/O, giấy phép, chứng nhận chuyên ngành và dữ liệu khai báo trên hệ thống.

Bước 3: Kiểm tra thực tế hàng hóa

Bước 3 áp dụng chủ yếu với tờ khai luồng đỏ hoặc trường hợp tờ khai được chuyển sang kiểm tra thực tế. Công việc này do Hải quan cửa khẩu tổ chức thực hiện, căn cứ vào danh sách tờ khai, địa điểm lưu giữ hàng hóa, chỉ dẫn rủi ro và thông tin liên quan.

Hình thức kiểm tra có thể bao gồm soi chiếu bằng máy soi, cân, sử dụng thiết bị kỹ thuật hoặc kiểm tra thủ công trực tiếp. Mức độ kiểm tra có thể là kiểm tra theo tỷ lệ hoặc kiểm tra toàn bộ hàng hóa, tùy từng trường hợp.

Nếu kết quả kiểm tra phù hợp với khai báo, cơ quan hải quan ghi nhận kết quả trên hệ thống và hoàn thành bước kiểm tra thực tế. Nếu phát hiện hàng hóa không phù hợp với khai báo, doanh nghiệp có thể phải khai bổ sung, bị xử lý vi phạm hoặc thực hiện các biện pháp khắc phục theo quy định.

Với doanh nghiệp sản xuất, gia công và doanh nghiệp KCN, cần kiểm soát chặt mã nguyên liệu, mã sản phẩm, định mức, mô tả hàng, xuất xứ và hồ sơ kỹ thuật. Đây là nhóm dễ phát sinh kiểm tra nếu thông tin khai báo không đồng nhất hoặc mặt hàng thuộc diện quản lý chuyên ngành.

Bước 4: Kiểm tra hoàn thành nghĩa vụ thuế, phí, lệ phí

Sau khi hoàn thành các bước kiểm tra cần thiết, hệ thống VNACCS/VCIS tự động kiểm tra tình trạng hoàn thành nghĩa vụ thuế của tờ khai trên cơ sở dữ liệu thanh toán đã cập nhật.

Nếu hệ thống chưa có thông tin xác nhận nộp thuế, công chức hải quan sẽ căn cứ chứng từ nộp ngân sách, thông tin từ ngân hàng phối hợp thu, Kho bạc Nhà nước hoặc hệ thống kế toán thuế tập trung để xử lý theo quy định.

Ngoài thuế, Đội Thông quan còn theo dõi và thu phí hải quan, lệ phí, phí thu hộ nếu có. Vì vậy, doanh nghiệp nên chủ động kiểm tra tình trạng nộp thuế, chứng từ nộp tiền và thời điểm hệ thống cập nhật thanh toán để tránh tờ khai bị chờ thông quan do dữ liệu thuế chưa đồng bộ.

Bước 5: Hoàn chỉnh hồ sơ

Bước cuối cùng là hoàn chỉnh hồ sơ. Công chức được giao nhiệm vụ sẽ theo dõi, quản lý và hoàn chỉnh hồ sơ đối với các tờ khai đã được giải phóng hàng, đưa hàng về bảo quản hoặc còn vướng mắc chưa hoàn tất thủ tục.

Trường hợp một tờ khai được theo dõi tại nhiều đơn vị hải quan, đơn vị có kết quả xử lý trước sẽ cập nhật thông tin lên hệ thống, còn đơn vị xử lý sau cùng thực hiện hoàn tất nghiệp vụ. Hồ sơ giấy phát sinh tại đơn vị nào thì lưu tại đơn vị đó trong khi chưa có hệ thống bàn giao hồ sơ giữa các đơn vị.

Đối với doanh nghiệp, bước này không nên xem nhẹ. Các hồ sơ sau thông quan, hồ sơ đưa hàng về bảo quản, hồ sơ kiểm tra chuyên ngành, chứng từ thuế và tài liệu giải trình cần được lưu trữ đầy đủ để phục vụ kiểm tra sau thông quan hoặc đối chiếu khi phát sinh vướng mắc.

5. Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì khi thực hiện thông quan tập trung?

Trước hết, doanh nghiệp cần rà soát lại năng lực khai báo hải quan nội bộ hoặc nhà cung cấp dịch vụ khai thuê (ví dụ như ECUS Thái Sơn). Mô hình xử lý tập trung đòi hỏi dữ liệu khai báo phải chuẩn ngay từ đầu, vì thông tin trên hệ thống là căn cứ chính để phân luồng, kiểm tra hồ sơ và xử lý các bước tiếp theo.

Thứ hai, cần chuẩn hóa danh mục hàng hóa, mã HS, chính sách mặt hàng và hồ sơ kỹ thuật. Với doanh nghiệp gia công, sản xuất xuất khẩu, chế xuất hoặc doanh nghiệp trong KCN, danh mục nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị, sản phẩm xuất khẩu và chứng từ liên quan phải được quản trị nhất quán.

Thứ ba, doanh nghiệp nên thiết lập quy trình kiểm tra chứng từ trước khi mở tờ khai. Các lỗi phổ biến như sai tên hàng, sai lượng hàng, sai đơn vị tính, thiếu C/O, thiếu giấy phép, chưa có kết quả kiểm tra chuyên ngành hoặc chưa khớp chứng từ thanh toán có thể làm tăng nguy cơ bị kiểm tra hoặc kéo dài thời gian thông quan.

Thông quan tập trung là bước chuyển quan trọng trong cải cách thủ tục hải quan, hướng đến xử lý hồ sơ tập trung, chuyên sâu, minh bạch và dựa nhiều hơn vào hệ thống điện tử. Theo Quyết định số 702/QĐ-CHQ, Quy trình thông quan tập trung gồm 5 bước: tiếp nhận, kiểm tra, đăng ký và phân luồng tờ khai; kiểm tra hồ sơ; kiểm tra thực tế hàng hóa; kiểm tra nghĩa vụ thuế, phí, lệ phí; và hoàn chỉnh hồ sơ.

Đối với doanh nghiệp xuất nhập khẩu, sản xuất, gia công và các doanh nghiệp trong khu công nghiệp, lợi ích của mô hình này chỉ phát huy tốt khi hồ sơ khai báo được chuẩn hóa, dữ liệu nhất quán và nghĩa vụ thuế phí được theo dõi kịp thời. Trong giai đoạn chuyển đổi, doanh nghiệp nên chủ động cập nhật quy trình nội bộ để thích ứng với mô hình thông quan tập trung từ ngày 01/6/2026.

Tài Phạm