Biên lai thuế, phí hải quan: Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì theo Thông tư 113/2025/TT-BTC

Từ ngày 1/1/2026, Thông tư 113/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính sẽ chính thức có hiệu lực, thay thế Thông tư 178/2011/TT-BTC đã được áp dụng trong nhiều năm. Quy định mới liên quan trực tiếp đến việc lập, quản lý và sử dụng biên lai thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu, phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện quá cảnh.

Áp lực thực tế khi doanh nghiệp phải nộp thuế, phí thay cho chủ hàng

Trong hoạt động chuyển phát nhanh quốc tế và thương mại điện tử xuyên biên giới, doanh nghiệp thường đóng vai trò trung gian nộp thuế, phí hải quan thay cho chủ hàng để đảm bảo hàng hóa được thông quan đúng thời hạn. Mỗi ngày, số lượng kiện hàng xử lý có thể lên tới hàng nghìn hoặc hàng chục nghìn đơn, kéo theo lượng biên lai phát sinh rất lớn.

Với cơ chế quản lý biên lai trước đây, doanh nghiệp phải sử dụng nhiều loại biên lai khác nhau, chủ yếu dưới dạng giấy hoặc bán điện tử, việc lưu trữ và đối chiếu còn phụ thuộc nhiều vào thao tác thủ công. Bộ phận kế toán phải kiểm tra từng biên lai, đối soát dòng tiền thu, nộp, hoàn thiện hồ sơ cho từng khách hàng hoặc từng lô hàng.

Thực tế cho thấy, chỉ cần sai sót nhỏ như lập nhầm biên lai, trùng số, thất lạc chứng từ hoặc không khớp dữ liệu cũng có thể dẫn đến việc chậm quyết toán, khó hoàn thuế hoặc phát sinh tranh chấp giữa doanh nghiệp với khách hàng. Trong bối cảnh quy mô giao dịch ngày càng lớn, cách làm cũ không còn phù hợp và tiềm ẩn nhiều rủi ro.

Đây chính là lý do Bộ Tài chính ban hành Thông tư 113/2025/TT-BTC, hướng tới chuẩn hóa toàn bộ quy trình quản lý biên lai thuế và phí hải quan theo hướng điện tử, thống nhất và minh bạch hơn.

Thông tư 113/2025/TT-BTC thay đổi cách quản lý biên lai ra sao?

Theo Thông tư 113/2025/TT-BTC, các doanh nghiệp cung ứng dịch vụ bưu chính quốc tế và chuyển phát nhanh quốc tế khi nộp thuế thay cho chủ hàng phải thực hiện việc lập, phát hành, quản lý và sử dụng biên lai điện tử theo quy trình thống nhất.

Doanh nghiệp cần đăng ký sử dụng biên lai điện tử thông qua Cổng thông tin điện tử của Cục Hải quan. Từ khâu đăng ký, thông báo phát hành đến quá trình sử dụng, toàn bộ dữ liệu biên lai sẽ được quản lý tập trung và đồng bộ trên hệ thống. Việc này giúp hạn chế tối đa tình trạng trùng số biên lai, sai thông tin hoặc sử dụng chứng từ không hợp lệ.

Thông tư cũng quy định rõ việc tuân thủ các nguyên tắc về giao dịch điện tử và kế toán trong quá trình sử dụng biên lai. Điều này buộc doanh nghiệp phải chuẩn hóa lại quy trình nội bộ, đảm bảo dữ liệu biên lai khớp với dữ liệu kế toán và dòng tiền thực tế.

Bên cạnh đó, vai trò giám sát của cơ quan Hải quan được làm rõ hơn. Chi cục Hải quan khu vực có trách nhiệm cập nhật thông tin phát hành biên lai lên hệ thống thông tin điện tử của ngành. Đối với các loại biên lai đặt in hoặc tự in, doanh nghiệp phải thực hiện thông báo phát hành trước ít nhất 10 ngày làm việc trước khi sử dụng lần đầu. Quy định này nhằm hạn chế rủi ro gian lận, sử dụng biên lai không hợp pháp trong hoạt động xuất nhập khẩu.

Việc thay thế Thông tư 178/2011/TT-BTC sau hơn 14 năm áp dụng được đánh giá là cần thiết, bởi quy định cũ được xây dựng trong bối cảnh giao dịch điện tử còn hạn chế, chưa đáp ứng được tốc độ và quy mô của hoạt động logistics và thương mại điện tử hiện nay.

Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước thời điểm Thông tư có hiệu lực?

Theo các chuyên gia kinh tế, Thông tư 113/2025/TT-BTC không chỉ giúp cơ quan quản lý nâng cao hiệu quả giám sát, mà còn tạo hành lang pháp lý rõ ràng hơn cho doanh nghiệp trong quá trình thu và nộp thuế, phí hải quan. Khi biên lai được số hóa và quản lý tập trung, việc tra cứu, đối soát và chứng minh nghĩa vụ tài chính sẽ thuận lợi hơn cho cả doanh nghiệp và chủ hàng.

Để tránh bị động khi Thông tư chính thức áp dụng từ ngày 1/1/2026, doanh nghiệp cần chủ động thực hiện một số công việc quan trọng. Trước hết là rà soát lại hệ thống công nghệ thông tin đang sử dụng, đảm bảo có khả năng kết nối và làm việc với Cổng thông tin điện tử của Cục Hải quan. Việc đăng ký sử dụng biên lai điện tử nên được thực hiện sớm để tránh quá tải hoặc phát sinh sự cố kỹ thuật trong giai đoạn chuyển tiếp.

Song song với đó, doanh nghiệp cần đào tạo lại đội ngũ kế toán, tài chính và nhân sự liên quan về quy trình lập, quản lý và lưu trữ biên lai theo quy định mới. Việc hiểu đúng và làm đúng ngay từ đầu sẽ giúp giảm rủi ro sai sót, tránh bị xử lý vi phạm hoặc phát sinh tranh chấp về sau.

Về lâu dài, việc áp dụng biên lai điện tử theo Thông tư 113/2025/TT-BTC sẽ giúp doanh nghiệp giảm khối lượng công việc thủ công, tăng tính minh bạch trong quản lý thu và nộp thuế, đồng thời nâng cao uy tín khi làm việc với đối tác và khách hàng quốc tế. Đây cũng là một trong những yếu tố quan trọng để Việt Nam tiếp tục cải thiện môi trường kinh doanh logistics và tham gia sâu hơn vào chuỗi cung ứng toàn cầu.

Nguyệt Nga