Quy định mới nhất về hồ sơ hải quan điện tử từ ngày 01/6/2026

Trong bối cảnh chuyển đổi số ngành Hải quan, hồ sơ hải quan điện tử đang trở thành nền tảng quan trọng giúp doanh nghiệp xuất nhập khẩu rút ngắn thời gian làm thủ tục, giảm chứng từ giấy và tăng tính minh bạch trong quá trình thông quan hàng hóa. Vậy Hồ sơ hải quan điện tử là gì? Cập nhật quy định mới nhất và những thay đổi về số hóa chứng từ, thông quan tập trung, khai báo hồ sơ điện tử đến 01/6/2026.

1. Hồ sơ hải quan điện tử là gì?

Hồ sơ hải quan điện tử là tập hợp các thông tin khai báo hải quan, tờ khai điện tử và các chứng từ liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được tạo lập, gửi, tiếp nhận, xử lý trên hệ thống điện tử của cơ quan Hải quan. Thay vì chuẩn bị bộ hồ sơ giấy để nộp trực tiếp, doanh nghiệp có thể khai báo dữ liệu, đính kèm hoặc số hóa chứng từ theo định dạng được cơ quan Hải quan quy định.

Từ ngày 01/6/2026, việc số hóa bộ hồ sơ hải quan tiếp tục có bước thay đổi đáng chú ý khi Cục Hải quan triển khai thí điểm mô hình thông quan tập trung tại Chi cục Hải quan khu vực III. Đây là một trong những bước đi quan trọng nhằm chuẩn hóa dữ liệu, giảm giấy tờ và tiến tới xử lý hồ sơ hải quan trên môi trường điện tử một cách thống nhất hơn.

2. Hồ sơ khai hải quan điện tử gồm những gì?

2.1 Tờ khai hải quan điện tử

Tờ khai hải quan điện tử là thành phần cốt lõi của hồ sơ hải quan điện tử. Người khai hải quan phải khai đầy đủ các chỉ tiêu thông tin theo mẫu quy định và gửi đến hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.

Thông tin trên tờ khai thường bao gồm: người xuất khẩu, người nhập khẩu, mã loại hình, thông tin hàng hóa, mã HS, trị giá hải quan, phương thức vận chuyển, điều kiện giao hàng, thuế suất, số lượng, trọng lượng và các thông tin quản lý chuyên ngành nếu có.

2.2 Các chứng từ thuộc bộ hồ sơ hải quan

Tùy từng loại hình xuất khẩu, nhập khẩu, bộ hồ sơ hải quan có thể bao gồm các chứng từ như hóa đơn thương mại, vận đơn, giấy phép xuất nhập khẩu, chứng nhận kiểm tra chuyên ngành, chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa, hợp đồng, packing list và các tài liệu khác theo quy định pháp luật.

Điểm đáng chú ý trong giai đoạn hiện nay là không phải mọi chứng từ đều xử lý theo cùng một cách. Có chứng từ được khai báo dưới dạng chỉ tiêu thông tin điện tử, có chứng từ được số hóa theo chuẩn dữ liệu, và có chứng từ vẫn cần bản scan có xác nhận bằng chữ ký số nếu chưa nằm trong danh sách được số hóa.

2.3 Chứng từ số hóa và bản scan ký số

Doanh nghiệp cần phân biệt rõ giữa chứng từ số hóa và bản scan có xác nhận bằng chữ ký số.

Chứng từ số hóa là chứng từ được khai báo theo cấu trúc dữ liệu điện tử, theo danh sách và định dạng do cơ quan Hải quan công bố. Khi chứng từ đã được số hóa đúng chuẩn, doanh nghiệp không phải nộp thêm bản scan có xác nhận chữ ký số như trước.

Trong khi đó, với chứng từ chưa được số hóa, người khai hải quan vẫn tiếp tục thực hiện khai báo bản scan có xác nhận bằng chữ ký số theo quy định hiện hành.

3. Cơ sở pháp lý về hồ sơ hải quan điện tử

3.1 Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn

Việc khai và xử lý hồ sơ hải quan điện tử hiện được thực hiện trên nền tảng Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn thi hành. Các căn cứ quan trọng gồm Nghị định 08/2015/NĐ-CP, đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 167/2025/NĐ-CP; Thông tư 38/2015/TT-BTC, đã được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC và Thông tư 121/2025/TT-BTC.

Nhóm văn bản này quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, cũng như trách nhiệm khai báo, nộp và xuất trình chứng từ của người khai hải quan.

3.2 Quy định mới về khai chứng từ thuộc hồ sơ hải quan

Theo cập nhật mới, người khai hải quan phải khai báo các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan theo các chỉ tiêu thông tin điện tử quy định. Đây là cơ sở để cơ quan Hải quan từng bước thay thế cách tiếp nhận hồ sơ dựa nhiều vào file scan hoặc chứng từ giấy bằng dữ liệu điện tử có cấu trúc.

Việc chuyển từ nộp file sang khai dữ liệu có ý nghĩa rất lớn. Khi dữ liệu chứng từ được chuẩn hóa, hệ thống hải quan có thể kiểm tra, đối chiếu, phân luồng và xử lý hồ sơ nhanh hơn. Doanh nghiệp cũng giảm rủi ro sai sót do thiếu hồ sơ, sai định dạng hoặc phải bổ sung chứng từ nhiều lần.

3.3 Quy trình thông quan tập trung từ ngày 01/6/2026

Ngày 06/5/2026, Cục Hải quan ban hành Quyết định 702/QĐ-CHQ về quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo mô hình thông quan tập trung tại Chi cục Hải quan khu vực III. Quy trình này có hiệu lực từ ngày 01/6/2026.

Cùng với đó, Cục Hải quan ban hành các văn bản liên quan đến số hóa chứng từ, trong đó có quy định tạm thời về định dạng thông điệp dữ liệu chứng từ điện tử và hướng dẫn triển khai các nội dung phục vụ thí điểm mô hình thông quan tập trung.

4. Thay đổi lớn về hồ sơ hải quan điện tử từ ngày 01/6/2026

4.1 Số hóa chứng từ phục vụ mô hình thông quan tập trung

Từ ngày 01/6/2026, Chi cục Hải quan khu vực III hướng dẫn người khai hải quan khai báo chứng từ thuộc bộ hồ sơ hải quan dưới dạng chỉ tiêu thông tin điện tử theo hướng dẫn tại Công văn số 16946/CHQ-CNTT của Cục Hải quan.

Khi thực hiện khai báo tờ khai điện tử, doanh nghiệp sẽ khai báo chứng từ dưới dạng số hóa trên hệ thống số hóa chứng từ theo danh sách chứng từ đã được công bố chuẩn tại Quyết định số 748/QĐ-CHQ. Dữ liệu sau đó được gửi tới hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan thông qua địa chỉ hệ thống do cơ quan Hải quan công bố.

Đây là thay đổi quan trọng vì hồ sơ hải quan không chỉ được điện tử hóa ở dạng file đính kèm, mà tiến thêm một bước thành dữ liệu số có cấu trúc.

4.2 Chứng từ đã số hóa không phải nộp thêm bản scan ký số

Một điểm mới có tác động trực tiếp đến doanh nghiệp là: đối với những chứng từ đã được số hóa, doanh nghiệp không phải nộp thêm bản scan có xác nhận bằng chữ ký số cho cơ quan Hải quan như trước đây.

Điều này giúp giảm đáng kể khối lượng thao tác trong quá trình chuẩn bị hồ sơ. Doanh nghiệp không cần scan, ký số, tải lên nhiều tài liệu nếu chứng từ đó đã được khai báo và gửi theo định dạng số hóa hợp lệ.

4.3 Chứng từ chưa được số hóa vẫn thực hiện theo quy định hiện hành

Không phải toàn bộ chứng từ đều được số hóa ngay trong giai đoạn đầu. Với các chứng từ chưa nằm trong danh sách được số hóa hoặc chưa đáp ứng định dạng dữ liệu theo quy định, người khai hải quan vẫn tiếp tục thực hiện khai báo bản scan có xác nhận bằng chữ ký số.

Nói cách khác, từ ngày 01/6/2026, doanh nghiệp cần vận hành song song hai cách xử lý: chứng từ đã chuẩn hóa thì khai dưới dạng số hóa; chứng từ chưa số hóa thì tiếp tục nộp bản scan ký số theo quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC, Thông tư 39/2018/TT-BTC và Thông tư 121/2025/TT-BTC.

4.4 Cơ quan Hải quan không yêu cầu chứng từ giấy, trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm

Trong quá trình xử lý hồ sơ, công chức hải quan sẽ căn cứ vào chứng từ số hóa và bản scan chứng từ đã được xác nhận bằng chữ ký số để giải quyết thủ tục. Cơ quan Hải quan không yêu cầu doanh nghiệp nộp hoặc xuất trình chứng từ giấy, trừ trường hợp phát hiện dấu hiệu vi phạm liên quan đến việc sử dụng chứng từ không đúng quy định pháp luật.

Đây là thay đổi có ý nghĩa thực tiễn lớn, đặc biệt với các doanh nghiệp có tần suất khai báo cao, nhiều lô hàng, nhiều bộ chứng từ và nhiều địa điểm làm thủ tục.

4.5 Áp dụng cho cả các thủ tục liên quan trên VNACCS/VCIS và hệ thống khác

Đối với trường hợp người khai hải quan thực hiện thủ tục đồng thời trên hệ thống VNACCS/VCIS và các hệ thống khác, hoặc chỉ thực hiện trên hệ thống khác nhưng có sử dụng chứng từ số hóa, doanh nghiệp cũng sử dụng chứng từ số hóa mà không phải đính kèm chứng từ giấy lên hệ thống như hiện nay.

Các tình huống có thể bao gồm hủy tờ khai, khai sửa đổi, bổ sung trên VNACCS/VCIS, thực hiện thủ tục qua hệ thống dịch vụ công hoặc các nghiệp vụ liên quan khác.

5. Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì khi khai hồ sơ hải quan điện tử?

5.1 Rà soát danh mục chứng từ thường sử dụng

Doanh nghiệp nên rà soát các loại chứng từ thường phát sinh trong hoạt động xuất nhập khẩu, phân loại chứng từ nào đã có thể số hóa, chứng từ nào vẫn phải nộp bản scan ký số. Việc phân loại sớm giúp bộ phận xuất nhập khẩu, logistics và kế toán phối hợp hiệu quả hơn khi chuẩn bị hồ sơ.

5.1 Chuẩn hóa dữ liệu khai báo

Khi hồ sơ hải quan chuyển dần sang dữ liệu điện tử có cấu trúc, chất lượng dữ liệu trở thành yếu tố rất quan trọng. Sai mã chứng từ, sai chỉ tiêu thông tin, thiếu trường dữ liệu hoặc khai không thống nhất giữa các hệ thống có thể làm chậm quá trình xử lý hồ sơ.

Doanh nghiệp cần thiết lập quy trình kiểm tra dữ liệu trước khi truyền tờ khai, đặc biệt với các thông tin về mã HS, trị giá, số lượng, giấy phép, chứng nhận kiểm tra chuyên ngành và chứng từ liên quan đến chính sách mặt hàng.

5.3 Sử dụng phần mềm hải quan điện tử phù hợp

Trong giai đoạn quy định thay đổi nhanh, việc sử dụng phần mềm hải quan điện tử giúp doanh nghiệp giảm thao tác thủ công, hạn chế sai sót và quản lý hồ sơ tập trung hơn. Phần mềm cần hỗ trợ khai báo tờ khai, quản lý chứng từ, lưu lịch sử hồ sơ, kết nối nghiệp vụ hải quan điện tử và đáp ứng kịp thời các thay đổi về biểu mẫu, chỉ tiêu thông tin.

6. ECUS hỗ trợ doanh nghiệp khai hồ sơ hải quan điện tử

Phần mềm hải quan điện tử ECUS là công cụ hỗ trợ doanh nghiệp trong quá trình khai báo, quản lý và xử lý hồ sơ hải quan điện tử. Với các doanh nghiệp xuất nhập khẩu, đại lý hải quan, logistics hoặc doanh nghiệp có nhiều tờ khai mỗi ngày, ECUS giúp chuẩn hóa quy trình làm việc, giảm phụ thuộc vào hồ sơ giấy và hạn chế rủi ro nhập liệu thủ công.

Thông qua ECUS, doanh nghiệp có thể quản lý thông tin tờ khai, theo dõi trạng thái xử lý, lưu trữ dữ liệu hồ sơ, kiểm soát chứng từ liên quan và phối hợp nội bộ thuận tiện hơn. Khi các quy định về số hóa chứng từ và thông quan tập trung được triển khai, việc có một hệ thống phần mềm ổn định sẽ giúp doanh nghiệp thích ứng nhanh hơn với yêu cầu mới của cơ quan Hải quan.

Từ ngày 01/6/2026, hồ sơ hải quan điện tử không chỉ là xu hướng mà đang trở thành yêu cầu thực tế trong quá trình triển khai mô hình thông quan tập trung tại Chi cục Hải quan khu vực III. Trước yêu cầu đó, phần mềm hỗ trợ khai hải quan ECUS đã được nâng cấp bằng dịch vụ ECUS.AI (Beta Version) nhằm hỗ trợ doanh nghiệp xuất nhập khẩu chuẩn hóa dữ liệu, giảm thao tác thủ công và hạn chế sai sót khi khai báo.

Doanh nghiệp càng chuẩn hóa dữ liệu và quy trình khai báo sớm, càng giảm được thời gian xử lý hồ sơ, chi phí vận hành và rủi ro phát sinh khi làm thủ tục.

ECUS và ECUS.AI đồng hành cùng doanh nghiệp trong quá trình khai hồ sơ hải quan điện tử, quản lý chứng từ và thích ứng với các thay đổi mới của ngành Hải quan. Liên hệ Tổng đài HTKH ECUS 1900 4767 (M. Bắc) - 19004768 (M. Trung - Nam) để được tư vấn giải pháp phần mềm khai hải quan điện tử phù hợp với quy mô và nghiệp vụ xuất nhập khẩu của doanh nghiệp.

Tài Phạm