Lệ phí hải quan là gì? Cập nhật mới nhất doanh nghiệp nên biết

Lệ phí hải quan là khoản chi phí bắt buộc phát sinh khi doanh nghiệp thực hiện thủ tục xuất nhập khẩu và quá cảnh hàng hóa. Dù giá trị lô hàng lớn hay nhỏ, việc nắm đúng quy định về sẽ giúp doanh nghiệp chủ động chi phí và tránh rủi ro xử phạt trong quá trình làm thủ tục.

1. Lệ phí hải quan là gì? Phân biệt với thuế xuất nhập khẩu

Lệ phí hải quan là khoản tiền tổ chức, cá nhân phải nộp khi cơ quan hải quan thực hiện các thủ tục hành chính liên quan đến hàng hóa, phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh hoặc quá cảnh. Đây là khoản thu thuộc nhóm lệ phí, được thu nhằm bù đắp chi phí cho hoạt động quản lý nhà nước trong lĩnh vực hải quan.

Điểm quan trọng doanh nghiệp cần phân biệt là lệ phí hải quan không phải là thuế. Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và thuế GTGT được tính dựa trên trị giá hoặc số lượng hàng hóa, trong khi lệ phí hải quan được thu theo mức cố định, căn cứ vào từng loại thủ tục hải quan phát sinh. Do đó, dù lô hàng có giá trị lớn hay nhỏ, khi phát sinh thủ tục thuộc diện thu lệ phí, doanh nghiệp vẫn phải thực hiện nghĩa vụ nộp theo quy định, trừ các trường hợp được miễn.

Việc hiểu rõ sự khác biệt này giúp doanh nghiệp tránh nhầm lẫn trong hạch toán chi phí, đồng thời chủ động hơn trong việc dự trù ngân sách khi thực hiện nhiều tờ khai xuất nhập khẩu trong tháng.

2. Mức thu lệ phí hải quan và quy định mới doanh nghiệp cần lưu ý

Theo Thông tư 86/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính, ban hành ngày 28/8/2025 và có hiệu lực từ 12/10/2025, Bộ Tài chính đã quy định cụ thể về mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh.

Theo đó, biểu mức thu lệ phí hải quan tiếp tục được áp dụng theo cơ chế thu cố định. Một số mức thu phổ biến mà doanh nghiệp thường gặp trong quá trình làm thủ tục gồm:

• Phí hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh: 20.000 đồng/tờ khai.
• Phí hải quan kiểm tra, giám sát, tạm dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa có dấu hiệu xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ: 200.000 đồng/đơn.
• Lệ phí đối với hàng hóa quá cảnh: 200.000 đồng/tờ khai.
• Lệ phí đối với phương tiện vận tải quá cảnh đường bộ: 200.000 đồng/phương tiện.
• Lệ phí đối với phương tiện vận tải quá cảnh đường thủy: 500.000 đồng/phương tiện.

Bên cạnh đó, Thông tư 86/2025/TT-BTC cũng quy định rõ các trường hợp được miễn lệ phí hải quan, bao gồm:

• Hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại; quà tặng cho các cơ quan Nhà nước, tổ chức chính trị xã hội, cá nhân (được miễn thuế theo mức nhất định), quà biếu, quà tặng vì mục đích nhân đạo, từ thiện; đồ dùng của các tổ chức hoặc cá nhân nước ngoài theo quy chế miễn trừ ngoại giao, hành lý mang theo người. 
• Hàng hóa mua bán, trao đổi của cơ dân biên giới trong định mức miễn thuế theo quy định. 
• Phương tiện vận tải của cư dân biên giới được quản lý theo phương thức không quản lý bằng tờ khai. 
• Hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh, hàng hóa xuất nhập khẩu và phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh được miễn lệ phí theo điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên hoặc cam kết của Chính phủ Việt Nam.
  

Doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý cập nhật các quy định này để tránh áp dụng nhầm mức thu hoặc bỏ sót các trường hợp được miễn, từ đó phát sinh chi phí không cần thiết.

3. Nộp lệ phí hải quan như thế nào để tránh rủi ro xử phạt?

Việc nộp lệ phí hải quan hiện nay được thực hiện theo nhiều hình thức nhằm tạo thuận lợi cho doanh nghiệp. Doanh nghiệp có thể nộp lệ phí theo 02 cách sau: 

1. Nộp trực tiếp: Doanh nghiệp đến trực tiếp Cơ quan hải quan, kho bạc Nhà nước để nộp lệ phí hải quan. 
2. Nộp trực tuyến: Doanh nghiệp nộp lệ phí hải quan trực tuyến qua ngân hàng, cổng dịch vụ công quốc gia.

Lưu ý: Trong trường hợp doanh nghiệp phát sinh nhiều tờ khai trong tháng, pháp luật cho phép đăng ký hình thức nộp lệ phí theo tháng và thanh toán toàn bộ số lệ phí phát sinh trong thời hạn quy định. Tuy nhiên, nếu nộp chậm, nộp thiếu hoặc không thực hiện đúng hình thức đã đăng ký, doanh nghiệp có thể bị xử phạt vi phạm hành chính và bị truy thu toàn bộ số lệ phí còn thiếu.

Trong bối cảnh cơ quan hải quan ngày càng tăng cường kiểm soát, đối chiếu lệ phí theo từng tờ khai, việc chủ động nộp lệ phí hải quan ngay tại thời điểm mở tờ khai cùng với các khoản thuế xuất nhập khẩu là giải pháp giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro, đảm bảo hồ sơ hải quan minh bạch và quá trình thông quan diễn ra thuận lợi.

Trên đây là những chia sẻ từ ECUS về lệ phí hải quan được cập nhật mới nhất năm 2026 theo Thông tư 86 của Bộ Tài chính. Hiện nay đối với việc nộp lệ phí này, doanh nghiệp đã có thể thực hiện trực tuyến trên phần mềm hải quan điện tử ECUS giúp khai báo nhanh chóng, minh bạch và thuận tiện hơn.

Nếu bạn cần hỗ trợ hoặc cần thêm thông tin về phần mềm ECUS vui lòng liên hệ Tổng đài HTKH 24/7 1900 4767 - 1900 4768 để được hướng dẫn và giúp đỡ chi tiết.

Nguyệt Nga