Thuế GTGT 0% hàng nội địa vào khu phi thuế quan: Điều kiện và thủ tục 2026

Việc áp dụng thuế suất thuế giá trị gia tăng 0% đối với hàng hóa từ nội địa xuất khẩu vào khu phi thuế quan là một chính sách ưu đãi cốt lõi nhằm khuyến khích sản xuất, gia công xuất khẩu và thu hút đầu tư. Tuy nhiên, để được hưởng mức thuế suất ưu đãi này, doanh nghiệp nội địa phải đáp ứng những điều kiện vô cùng nghiêm ngặt về mặt hồ sơ, chứng từ và quy trình thủ tục Hải quan. Bài viết này sẽ phân tích chi tiết toàn bộ khung pháp lý, đối tượng và điều kiện áp dụng mới nhất.

1. Căn cứ pháp lý điều chỉnh thuế GTGT hàng nội địa

Chính sách thuế GTGT 0% đối với hàng hóa đưa từ nội địa vào khu phi thuế quan được điều chỉnh đồng bộ bởi hệ thống văn bản quy phạm pháp luật sau:

+) Luật Hải quan 2014: Quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, hàng hóa đưa vào/ra khu phi thuế quan.

+) Luật Thuế Xuất khẩu, Thuế Nhập khẩu số 107/2016/QH13: Định nghĩa về khu phi thuế quan và các mối quan hệ tương tác thương mại giữa nội địa với khu phi thuế quan (được coi là quan hệ xuất nhập khẩu).

+) Luật Thuế Giá trị gia tăng năm 2024 (và các văn bản sửa đổi, bổ sung): Quy định nguyên tắc áp dụng thuế suất 0% đối với dịch vụ, hàng hóa xuất khẩu.

+) Nghị định số 181/2025/NĐ-CP và Thông tư số 121/2025/TT-BTC: Các văn bản cập nhật mới nhất hướng dẫn thi hành chi tiết về quản lý thuế, thủ tục hải quan và điều kiện khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu vào các khu vực đặc thù.

2. Đối tượng được áp dụng thuế GTGT 0% hàng nội địa

Theo quy định tại Điều 17, Nghị định số 181/2025/NĐ-CP thuế suất 0% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được hiểu là hàng hóa, dịch vụ được tiêu dùng ở ngoài Việt Nam, trong khu phi thuế quan; hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho khách hàng nước ngoài theo quy định của pháp luật.

Cụ thể đối với mối quan hệ với khu phi thuế quan bao gồm:

• Hàng hóa từ nội địa bán vào khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, kho ngoại quan, kho bảo thuế, khu thương mại - công nghiệp và các khu vực kinh tế khác được thành lập theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ có tính chất là khu phi thuế quan.
• Hàng hóa cung ứng từ nội địa để xây dựng, sửa chữa, bảo dưỡng cơ sở hạ tầng, máy móc thiết bị bên trong khu phi thuế quan.

Lưu ý các trường hợp không được áp dụng 0% (Dù bán vào khu phi thuế quan):

• Xe ô tô bán cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan;
• Hàng hóa cung cấp dịch vụ bưu chính, viễn thông;
• Cung cấp năng lượng (điện, nước, xăng dầu) cho xe ô tô của doanh nghiệp chế xuất/khu phi thuế quan tiêu thụ tại nội địa.

3. Điều kiện bắt buộc để áp thuế GTGT 0%

Để được áp dụng thuế suất 0% (và được khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT đầu vào), doanh nghiệp nội địa bán hàng vào khu phi thuế quan phải thỏa mãn đồng thời 3 điều kiện quan trọng sau đây:

Điều kiện 1: Có hợp đồng mua bán hàng hóa

Hợp đồng bán, gia công hàng hóa hoặc hợp đồng cung ứng dịch vụ phải được ký kết giữa doanh nghiệp nội địa và tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan. Trong hợp đồng phải thể hiện rõ các điều khoản về chủng loại hàng hóa, số lượng, giá trị, và phương thức thanh toán.

Điều kiện 2: Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt

Tiền thanh toán cho hàng hóa bán vào khu phi thuế quan phải được thanh toán qua ngân hàng (từ tài khoản của bên mua trong khu phi thuế quan sang tài khoản của bên bán nội địa).

• Chứng từ thanh toán qua ngân hàng là điều kiện bắt buộc để cơ quan thuế chấp nhận hoàn thuế/khấu trừ.
• Các trường hợp thanh toán bù trừ, cấn trừ công nợ phải được quy định rõ trong hợp đồng và có biên bản đối chiếu chứng từ hợp lệ.

Điều kiện 3: Phải có Tờ khai hải quan

Hàng hóa đưa từ nội địa vào khu phi thuế quan bắt buộc phải làm thủ tục hải quan và phải có Tờ khai hải quan đã thông quan.

• Mối quan hệ mua bán này được pháp luật hải quan coi là hoạt động xuất khẩu tại chỗ hoặc xuất khẩu trực tiếp vào khu phi thuế quan.
• Nếu doanh nghiệp bán hàng vào khu phi thuế quan mà không mở tờ khai hải quan (trừ một số trường hợp đặc biệt được miễn theo quy định riêng của Bộ Tài chính), hàng hóa đó sẽ phải chịu mức thuế suất như tiêu thụ tại nội địa (thông thường là 10% hoặc 5%).

Các lỗi doanh nghiệp hay gặp:

• Có hợp đồng nhưng không ghi rõ khu phi thuế quan;
• Thanh toán qua ngân hàng nhưng không đúng tài khoản;
• Có tờ khai nhưng sai loại hình;
• Giao hàng trước - mở tờ khai sau.

4. Quy trình thủ tục hải quan 0% cho doanh nghiệp

Để đảm bảo tờ khai hải quan được thông quan thông suốt và hợp lệ cho mục đích áp thuế 0%, doanh nghiệp nội địa cần tuân thủ quy trình sau:

Bước 1: Ký kết hợp đồng và Chuẩn bị hàng

Ký kết hợp đồng thương mại hiển thị rõ pháp nhân bên mua thuộc khu phi thuế quan (ví dụ: Doanh nghiệp chế xuất - EPE). Chuẩn bị hàng hóa, hóa đơn thương mại (Commercial Invoice) và phiếu đóng gói (Packing List).

Bước 2: Khai báo Tờ khai xuất khẩu

Doanh nghiệp nội địa tiến hành khai báo tờ khai hải quan xuất khẩu (loại hình thường gặp là B11 hoặc E62 tùy thuộc mục đích sản xuất/kinh doanh) trên hệ thống hải quan điện tử VNACCS/VCIS.

Bước 3: Doanh nghiệp phi thuế quan khai báo đối ứng

Đối với mô hình xuất nhập khẩu tại chỗ, doanh nghiệp nằm trong khu phi thuế quan thực hiện mở tờ khai nhập khẩu đối ứng (loại hình E11, A12...) để tiếp nhận lô hàng.

Bước 4: Thông quan và Lưu trữ hồ sơ

Sau khi cơ quan Hải quan kiểm tra (xanh/vàng/đỏ) và chấp nhận thông quan, doanh nghiệp thực hiện giao nhận hàng, thu thập chứng từ thanh toán qua ngân hàng để tập hợp bộ hồ sơ hoàn thuế GTGT.

Việc nắm vững các quy định tại pháp luật là chìa khóa để doanh nghiệp nội địa tối ưu hóa chi phí thuế. Sự sai sót trong việc mở tờ khai hải quan hoặc sơ suất trong phương thức thanh toán có thể dẫn đến việc bị cơ quan Thuế loại bỏ quyền áp dụng thuế suất 0%, bị truy thu thuế và phạt chậm nộp.

Dương Nguyễn