Hồ sơ khai thuế xuất nhập khẩu gồm những gì? Hướng dẫn mới nhất theo Thông tư 86/2026/TT-BTC

Hoạt động xuất nhập khẩu không chỉ đòi hỏi doanh nghiệp thực hiện đúng thủ tục hải quan mà còn phải khai thuế đầy đủ, chính xác theo quy định của pháp luật. Từ ngày 01/7/2026, Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định rõ về hồ sơ khai thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, đồng thời kế thừa các quy định của Luật Hải quan và Luật Quản lý thuế.

Vậy hồ sơ khai thuế xuất nhập khẩu gồm những gì, nộp ở đâu, nộp bằng hình thức nào và doanh nghiệp cần lưu ý những gì để tránh vi phạm? Bài viết dưới đây sẽ hướng dẫn chi tiết.

1. Tìm hiểu chung về hồ sơ khai thuế xuất nhập khẩu

1.1 Căn cứ pháp lý về hồ sơ khai thuế xuất nhập khẩu

Các quy định về hồ sơ khai thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu hiện được điều chỉnh bởi nhiều văn bản pháp luật, gồm:

• Luật Hải quan số 54/2014/QH13;
• Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14;
• Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13;
• Thông tư số 38/2015/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung) quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu;
• Thông tư 86/2026/TT-BTC hướng dẫn về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Trong đó, Điều 3, Thông tư 86/2026/TT-BTC là quy định mới nhất trực tiếp về khai thuế, hồ sơ khai thuế và hình thức nộp hồ sơ.

1.2 Hiểu về hồ sơ khai thuế xuất nhập khẩu

Theo Khoản 3, Điều 3, Thông tư 86/2026/TT-BTC, hồ sơ khai thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu chính là hồ sơ hải quan theo quy định của Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Điều này có nghĩa là doanh nghiệp không lập một bộ hồ sơ khai thuế riêng như đối với nhiều sắc thuế nội địa. Thay vào đó, việc khai thuế được thực hiện thông qua hồ sơ hải quan khi đăng ký tờ khai.

Toàn bộ hồ sơ được nộp cho cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan.

2. Hồ sơ khai thuế xuất nhập khẩu gồm những gì?

Do hồ sơ khai thuế được xác định là hồ sơ hải quan nên thành phần hồ sơ được thực hiện theo Luật Hải quan và Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC và Thông tư 121/2025/TT-BTC).

2.1 Thành phần hồ sơ khai thuế xuất nhập khẩu

Tùy từng loại hình xuất khẩu, nhập khẩu và chính sách quản lý đối với hàng hóa, hồ sơ có thể bao gồm các chứng từ sau:

Có thể thấy, tờ khai hải quan là tài liệu trung tâm của hồ sơ khai thuế xuất nhập khẩu, còn các chứng từ khác được sử dụng để chứng minh nguồn gốc, trị giá, xuất xứ và chính sách thuế áp dụng đối với hàng hóa.

2.2 Thành phần hồ sơ có giống nhau trong mọi trường hợp không?

Câu trả lời là không.

Mặc dù hồ sơ khai thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đều được thực hiện theo quy định của pháp luật hải quan, nhưng thành phần hồ sơ có thể khác nhau tùy từng loại hình xuất nhập khẩu, mặt hàng và chính sách quản lý.

Ví dụ, hàng hóa hưởng ưu đãi thuế quan phải bổ sung C/O; hàng hóa thuộc diện miễn, giảm hoặc hoàn thuế cần có chứng từ chứng minh; hàng hóa quản lý chuyên ngành phải kèm giấy phép hoặc văn bản chấp thuận theo quy định.

Vì vậy, doanh nghiệp nên xác định đúng loại hình và chính sách áp dụng trước khi đăng ký tờ khai để chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, tránh phát sinh việc bổ sung chứng từ hoặc kéo dài thời gian thông quan.

2.3 Khi chuẩn bị hồ sơ khai thuế, doanh nghiệp cần lưu ý gì?

Khi chuẩn bị hồ sơ khai thuế xuất nhập khẩu, doanh nghiệp cần xác định đúng loại hình xuất nhập khẩu và chính sách quản lý áp dụng đối với hàng hóa để chuẩn bị đầy đủ các chứng từ theo quy định. Đồng thời, các thông tin trên tờ khai hải quan phải thống nhất với hóa đơn thương mại, vận đơn, chứng nhận xuất xứ (nếu có) và các tài liệu liên quan nhằm tránh phải sửa đổi, bổ sung hồ sơ hoặc kéo dài thời gian thông quan.

3. Hình thức nộp hồ sơ khai thuế xuất nhập khẩu

Doanh nghiệp khai xuất nhập khẩu có thể nộp hồ sơ điện tử hoặc hồ sơ giấy cho cơ quan hải quan.

3.1 Nộp hồ sơ điện tử

Đây là hình thức được áp dụng phổ biến hiện nay.

Người nộp thuế phải:

• khai đầy đủ các chỉ tiêu trên tờ khai;
• khai đúng thông tin về hàng hóa;
• gửi chứng từ điện tử thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.

Nếu hệ thống chưa hỗ trợ khai một số chỉ tiêu, doanh nghiệp được:

• scan chứng từ;
• ký số;
• gửi lên hệ thống hải quan điện tử.

3.2 Nộp hồ sơ giấy

Trường hợp pháp luật hải quan cho phép nộp hồ sơ giấy:

• Chứng từ yêu cầu bản chính phải nộp bản chính;
• Có thể nộp trực tiếp hoặc gửi qua bưu chính;
• Những chứng từ không bắt buộc bản chính được phép nộp bản chụp.

4. Một số lưu ý giúp doanh nghiệp hạn chế sai sót khi khai thuế xuất nhập khẩu

Để giảm thiểu rủi ro bị ấn định thuế, xử phạt vi phạm hành chính hoặc kéo dài thời gian thông quan, doanh nghiệp nên:

• Kiểm tra kỹ mã HS, trị giá hải quan, xuất xứ hàng hóa và mức thuế áp dụng.
• Đảm bảo sự thống nhất giữa tờ khai hải quan với hóa đơn, vận đơn, hợp đồng và các chứng từ liên quan.
• Ưu tiên thực hiện thủ tục trên hệ thống hải quan điện tử, sử dụng chữ ký số hợp lệ và lưu trữ hồ sơ theo đúng quy định.
• Đối với hàng hóa xuất nhập khẩu qua nền tảng thương mại điện tử hoặc nền tảng số, việc khai thuế và nộp thuế được thực hiện theo quy định tại Nghị định 08/2015/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 167/2025/NĐ-CP) và các văn bản hướng dẫn hiện hành.

Như vậy, theo Thông tư 86/2026/TT-BTC, hồ sơ khai thuế xuất nhập khẩu chính là hồ sơ hải quan được lập và nộp cho cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai. Doanh nghiệp cần thực hiện khai báo trung thực, đầy đủ và đúng thời hạn, đồng thời ưu tiên sử dụng hồ sơ điện tử để rút ngắn thời gian xử lý và hạn chế sai sót. Việc nắm vững quy định về hồ sơ khai thuế không chỉ giúp tuân thủ pháp luật mà còn góp phần nâng cao hiệu quả hoạt động xuất nhập khẩu, giảm rủi ro về thuế và thuận lợi trong quá trình thông quan.

Dương Nguyễn